Koko 1940-lukua leimasi sota ja sen jälkipuinti. Talvisodan taistelujen aikana sotilaskotisisaret palvelivat oman henkensä uhalla, monesti voimiensa äärirajoilla. Talvisodan seurauksena menetettiin 50 sotilaskotia joko menetetylle alueelle tai pommituksissa, raskaimmin rannikolla Laatokan ja itäisen Suomenlahden rannikkolinnakkeilla.

Jatkosotaan tultaessa sotilaskotityötä oli järjestelty uudelleen. Armeijakuntien yhteyteen perustettiin sotilaskotikeskuselimet ja Helsinkiin keskustoimisto, joka johti koko toimintaa ja koordinoi tavarahankintoja. Yhtenäiset sotilaskotiasut otettiin käyttöön.

Kun vuonna 1940 miehiä siirrettiin varuskunnista rajan tuntumaan, Sotilaskotiliiton hallitus suositteli yhdistyksille, minkä keskuselimen alaisia sotilaskoteja ne voisivat tukea. Näin syntyi sotavuosien ajan käytössä ollut kummikotijärjestelmä.

Sotilaskotiliitto otti pankkilainaa saadakseen hankittua kymmeniä parakkeja rajaseudun sotilaskotien toiminnan vakinaistamiseksi.

Liiton puheenjohtaja Toini Jännes teki suuren henkilökohtaisen työpanoksen sekä talvi- että jatkosodan aikana. Heinäkuussa 1942 hän oli kahden muun sotilaskotisisaren kanssa itärajan sotilaskotien tarkastusmatkalla, kun vihollispartio avasi tulen heitä kuljettanutta autoa vastaan. Kaikki kolme sotilaskotisisarta sekä autonkuljettaja ja suojamies saivat surmansa.

Murtovaaran partisaani-iskun paikalle pystytettiin muistomerkki vuoden kuluttua tapahtuneesta vuonna 1943.

Sotilaskotijärjestö jatkoi toimintaansa myös Lapin sodassa. Sotilaskotityö ei päättynyt edes joukkojen kotiuttamiseen, vaan kun pioneerit jäivät alueelle purkamaan miinoitteita, Korian sotilaskotisisaret pitivät kotia miinanraivaajille.