Sodan jälkeen Sotilaskotiliitto ja Puolustusvoimat kävivät neuvotteluja, joiden lopputuloksena oli Pääesikunnan päätös: vain Suomen Sotilaskotiliittoon kuuluvat yhdistykset saivat ylläpitää sotilaskoteja tai kanttiineja Puolustusvoimien hallussa olevilla alueilla.

Vuonna 1951 liiton nimi muuttui muotoon Sotilaskotiliitto – Soldathemsförbundet ry. Lähes koko vuosikymmenen liiton puheenjohtajana toimi Aune Brotherus. Hänen puheenjohtajakauttaan ja koko 1950-lukua leimasivat asenteet, joissa sotilaskotityö tai sen paremmin muukaan maanpuolustukseen liittyvä toiminta ei saanut arvostusta. Brotherus totesi 75-vuotishaastattelussaan, että tuohon aikaan ”piti olla kuin ankka, joka ravistaa veden selästään ja ui edelleen”.

Sotilaskotiliitto toimi historiansa alusta vuoteen 1955 asti Helsingin Sotilaskotiyhdistykseltä vuokratuissa tiloissa Kasarmikatu 28:ssa ja pari vuotta osoitteessa Kasarmikatu 41, kunnes sai viimein vuonna 1957 omat tilat Simonlinna-nimisestä kiinteistöstä Helsingin Simonkadulla. Samoissa tiloissa liiton toimisto sijaitsee edelleen.

Vuonna 1959 otettiin käyttöön liiton uudet säännöt, joissa pyrittiin irtaantumaan pääkaupunkikeskeisyydestä mm. siten, että valtuuskuntaan oli jatkossa valittava edustaja jokaisesta läänistä, jossa oli Sotilaskotiliiton jäsenyhdistys. Samalla sääntömuutosta ajamassa ollut Hämeenlinnan Sotilaskotiyhdistyksen edustaja Lyyli Kairamo tuli valituksi liiton hallituksen jäseneksi ensimmäisenä pääkaupunkiseudun ulkopuolelta tulevana.

Puolustusvoimain komentajan tehtävät vuosikymmenen lopulla jättänyt jalkaväenkenraali K. A. Heiskanen kiitti tehtävänsä jättäessään sotilaskotisisaria: ”Sotilaskoti on muodostunut erottamattomaksi osaksi Suomen puolustuslaitosta, ja sen työtä on totuttu pitämään niin itsestään selvänä asiana, että sen ansaitsema kiitos ja julkinen tunnustus on usein unohdettu. Kuitenkin juuri itselleen asettamansa tehtävän selvyydessä ja pyyteettömyydessä – jossa julkisuuden tavoittelulla ei ole sijaa – on ollut se Sotilaskotiliiton voima, joka on auttanut sitä omin toimin saavuttamaan päämääränsä – karua kasarmia viihtyisämmän oleskelutilan luomisen, jossa varusmies taloudellisten mahdollisuuksiensa puitteissa ja rakentavien harrastusten parissa voi viettää vapaahetkensä.”